تتبع الهيئة العامة للعناية بالمسجد الحرام والمسجد النبوي, عددًا من المراحل والأساليب المتطورة في إدارة تخزين وتنقية وتوزيع ماء زمزم المبارك من البئر، وذلك عن طريق خزانات ذات سعة (5000) متر مكعب، وهي مقسمة إلى جزأين ومبني من الخرسانة المسلحة، ومرحلة تنقية المياه بعد عملية تخزين المياه تتم بنقلها إلى محطة التنقية وفلترة مياه زمزم وإنتاج المياه بدرجة عالية من النقاوة والتعقيم عبر منظومة متكاملة من الفلاتر، وتنتقل المياه المنتجة بعدها إلى خزاني كدي سعة (10000) م3، وسبيل الملك عبد العزيز. ويزود المسجد الحرام بماء زمزم من خزان كدي وتعبأ صهاريج زمزم للمسجد النبوي من سبيل الملك عبد العزيز، كما يتم الضخ إلى مصنع الإنتاج لتنتج عبوات ماء زمزم 5 لترات، وتنتقل المياه المنتجة من خزان كدي بعد إعادة تنقيتها عن طريق الأشعة فوق البنفسجية عبر أنابيب غير قابلة للصدأ (أستانلس أستيل) إلى محطات تبريد مياه زمزم حول المسجد الحرام حيث يتم ضخها إلى نقاط تعبئة الحافظات ومشربيات مياه زمزم في المسجد الحرام.

ويسبق كل مرحلة من المراحل الأساسية عملية أخذ عينات وتحليل لمياه زمزم للتأكد من مواصفاتها وخصائصها، ويخضع الماء المبارك في جميع مراحل رحلته إلى عينات عشوائية يتم تحليلها للتأكد من سلامتها وخلوها من أي ملوثات، وتتم عملية فحص عينات ماء زمزم بالتقنية المستخدمة في الفحص بالخطوات التالية: فيزيائيًا بالتأكد بعد أخذ العينة وخلوها من أي شوائب ترى بالعين المجردة، وكيميائيًا بتحليل جميع مركباتها بأجهزة مخصصة ومطابقتها للمواصفات والمقاييس، وبكتيريولوجيا: بفحص المياه بمواد مخصصة باستزراع البكتيريا والميكروبات، كما تستخدم تقنيات خاصة ذات كفاءة عالية مخصصة لفحص المياه في المختبر ومنها: أجهزة الكيمياء: - وجهاز الفحص الفوري للكلور- وجهاز قياس الحمضية والقلوية للمياه ph - وجهاز تحليل جميع مركبات وعناصر المياه وأجهزة الميكروبيولوجي: -جهاز لتحضين البكتيريا ونموها في أسرع وقت للكشف عن البكتيريا والميكروبات- وجهاز كبينة السلامة للعمل على زراعة البكتيريا في بيئة منعزلة عن أي تلوث خارجي، لضمان مستوى التحاليل- وجهاز الميكروسكوب لمعرفة أنواع البكتيريا ومصدرها.

ويستقبل المسجد الحرام يوميًا قرابة (مليون وربع) لتر، من مشروع الملك عبدالله بن عبدالعزيز لسقيا زمزم حيث جهزت الهيئة العامة ما يزيد عن (30) ألف حافظة لماء زمزم المبارك موزعة في أنحاء المسجد الحرام وساحاته ومرافقه الخارجية يتم تعبئتها خمس مرات يوميًا، وتوفير ما يزيد عن (300) حقيبة متنقلة لتوزيع عبوات زمزم، و(80) عربة ذكية سعة (80) لترًا تتم إدارتها وتوزيعها من خلال أكثر من (1030) عاملًا.